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    胚胎植入前診斷(PGD)的PicoPLEX法全基因組拷貝數變異檢測

    更新時間:2018-05-18瀏覽:6321次

    低深度全基因組測序已經被引入用于植入前遺傳診斷(PGD)中的染色體拷貝數變異(CNA)檢測。CNA檢測前的單細胞全基因組擴增以PicoPLEX WGA試劑為佳。

     

    植入前基因篩查和診斷(PGS,PGD)是第三代試管嬰兒技術,指體外受精(IVF)過程中所做的胚胎或卵母細胞測試,以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎,提高懷孕成功率,降低特定遺傳病的傳遞風險。微陣列比較基因組雜交(arrayCGH)是IVF機構zui常用的PGS技術。

     

    參考文獻

    Springer電子書《分子生物學方法》:

    Deleye L., De Coninck D., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2018) Genome-Wide Copy Number Alteration Detection in Preimplantation Genetic Diagnosis. In: Head S., Ordoukhanian P., Salomon D. (eds) Next Generation Sequencing. Methods in Molecular Biology, vol 1712. Humana Press, New York, NY

     

     

    低深度全基因組測序相比arrayCGH有更高的分辨率和信噪比

    胚胎植入前遺傳診斷(PGD)染色體變異檢測的傳統方法是微陣列比較基因組雜交(arrayCGH),它的缺點是分辨率不高而且價格較高。

    低深度的全基因組測序可以解決這些問題。

    文獻報道低深度全基因組測序是PGD染色體結構和數量異常檢測的較好替換方法,15例病人47個囊胚3Mb以上的大規模平行測序(MPS)數據顯示比基于arrayCGH的PGD更高的分辨率和信噪比。雖然基于MPS的胚胎篩查還沒有長期的臨床數據支持,但是已經有一些健康寶寶的案例。

     

    低深度全基因組測序需要進行單細胞全基因組擴增。

     

    Picoplex/SurePlex是胚胎植入前遺傳診斷CNA檢測的全基因組擴增技術

    試管嬰兒胚胎植入前的檢查使用胚胎第5天的4-7個滋養層活檢細胞。

    這些細胞分析前需要對細胞內的基因組DNA進行全基因組擴增(WGA)。

     

    因為樣本的稀有(只有4-7個細胞),一般的WGA技術擴增后結果會有偏差。

    需要根據應用的不同(不同的遺傳多態類型)選擇不同的WGA方法:

    染色體拷貝數異常(CNA)檢測使用Picoplex/SurePlex方法(Rubicon Genomics公司)較好,這一方法的CNA檢測一致性較高,分辨率有3 MB。

     

    注:SurePlex和PicoPLEX的技術是一樣的,都是Rubicon Genomics公司的同一技術。

     

    Picoplex/SurePlex法PGD流程

    使用PicoPlex/SurePlex WGA試劑盒擴增細胞。

    擴增DNA超聲波剪切到200bp。

    Illumina測序文庫制備。

    Illumina NextSeq500測序儀測序。

     

    結果

    4-6個囊胚細胞得到CNV數據,zui高達3Mb。

     

    產品

    單細胞全基因組擴增試劑

    PicoPLEX® WGA Kit單細胞全基因組擴增試劑盒

    PicoPLEX WGA Kit被IVF行業供應商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學篩查和診斷(PGS/PGD)。

     

    英文名稱:Rubicon PicoPLEX WGA Kit

    中文名稱:單細胞全基因組擴增試劑盒

    品牌:Rubicon Genomics

    貨號:R30050或RB3050(TAKARA版)

    用途:卵裂球和滋養外胚層細胞的植入前基因篩查(PGS)和需要單細胞擴增的循環腫瘤細胞(CTC)中的CNV檢測。

     

    從單細胞中擴增DNA構建高重復性的文庫現在成為可能!PicoPLEX WGA kit采用技術,設計、優化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動操作的失誤,縮短了獲得結果的時間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA,并兼容微陣列比較基因組雜交(array CGH)分析及PCR。

     

    DNA超聲波打斷管

    Covaris DNA打斷管 貨號:520045

     

    Illumina測序文庫制備試劑

    NEBNext Ultra II kit

     

    Illumina NextSeq500上機測序試劑

     

    華雅旗下紅榮微再主營醫療核酸保存文庫擴增等產品,授權代理(上海)Rubicon Genomics單細胞文庫擴增試劑。

     

     

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